特待生奨学金の選考に漏れた場合、入試自体も不合格になるのですか？

いいえ。特待生奨学金は入試成績上位者を対象に給付されるものであり、特待生に選ばれなかった場合でも、通常の入試の合格基準に達していれば合格となります 。