【多要素認証】アプリ認証（Microsoft Authenticator）を登録してしまった。削除しなければならないか？

Microsoft Authenticatorによる認証が問題なくできているのであれば、そのままご使用いただいて結構です。
ただし、スマートフォンの機種変更の際に認証ができなくなりますので、電話認証を追加しておかれることをお勧めします。
・電話認証の追加はBlackboardの「多要素認証について」→「個別手順」→「電話認証登録」をご覧ください。